공동사업자 한 명이 탈퇴하면 부가가치세법상 사업자등록 정정은 변경 사유가 생긴 뒤 지체 없이 해야 합니다. 정해진 ‘며칠 이내’의 별도 기한은 제시되어 있지 않으므로, 탈퇴 사실과 사업자 구성이 확정되면 바로 정정신고를 제출하시는 것이 안전합니다.
사업자등록 정정신고서와 기존 사업자등록증을 관할 세무서에 제출하거나 국세정보통신망으로 신고할 수 있습니다. 공동사업자의 구성원 변경은 정정 사유에 해당하며, 세무서는 신고를 받은 날부터 2일 이내에 변경 내용을 확인해 사업자등록증을 정정·재발급하는 것이 원칙입니다. 이 2일은 사업자가 신고해야 하는 기한이 아니라 세무서의 처리기한입니다.
별도로, 공동사업장 신고내용의 변경에 관한 소득세법상 신고기한도 살펴보셔야 합니다. 대표공동사업자는 원칙적으로 변동 사유가 생긴 과세기간이 끝난 날부터 15일 이내에 변동 내용을 신고해야 합니다. 다만 이 기한 규정은 개정 적용례가 있으므로, 실제 신고 시점에 따라 적용 여부가 달라질 수 있습니다. 사업자등록 정정신고를 하면서 변동내용을 신고하면 공동사업장등이동신고서를 별도로 제출한 것으로 보는 규정도 있습니다.
정정신고를 늦게 했을 때의 불이익은 미등록 사업자와 구분해야 합니다. 제공된 기준상 정정신고 지연만으로 미등록가산세를 적용하지는 않는다고 설명되어 있지만, 공동사업자 구성이나 손익분배비율 등 신고내용을 누락하거나 사실과 다르게 신고한 경우에는 별도의 공동사업장 신고 불성실 가산세 문제가 생길 수 있습니다. 따라서 사업자등록 정정은 지체 없이 하고, 공동사업장 변경신고도 함께 처리하는 방식이 안전합니다.