과세표준증명원과 세금계산서는 서로 다른 서류이며 서로 대신할 수 없습니다. 과세표준증명원은 부가가치세 신고를 마친 기간의 매출 과세표준과 납부세액 등을 확인하는 증명서이고, 세금계산서는 사업자가 특정 과세 거래를 할 때 공급자·공급받는 자·공급가액·부가가치세액 등을 적어 발급하는 거래 증빙입니다.
쉽게 말해, 과세표준증명원은 신고한 매출·세액을 기간 단위로 확인하는 서류이고, 세금계산서는 개별 거래가 있었다는 사실과 금액을 확인하는 서류입니다. 세금계산서를 여러 장 제출해도 그것만으로 과세표준증명원이 되지는 않으며, 과세표준증명원도 개별 거래의 세금계산서를 대신하지 않습니다.
은행이나 기관에서 과세표준증명원을 요청했는데 세금계산서를 언급했다면, 어떤 서류를 제출해야 하는지 제출처의 요구 명칭을 확인하시는 것이 좋습니다. 과세표준증명원은 부가가치세 신고가 반영된 기간에 대해 발급할 수 있으므로, 신고 전이거나 아직 반영되지 않은 기간은 증명서에 포함되지 않을 수 있습니다. 세금계산서는 부가가치세가 과세되는 거래에서 공급시기에 발급하는 것이 원칙입니다(부가가치세법 제32조·제34조).