원도급업자가 발주처와 공사계약을 맺고 공사 전체를 공급하는 구조라면, 발주처에 청구하는 공사대금 전체를 기준으로 세금계산서를 발급하는 것이 원칙이며 하도급업체 몫을 매출액에서 빼고 발급하지는 않습니다.
하도급업체는 자신이 원도급업자에게 제공한 공사분에 대해 원도급업자에게 별도로 세금계산서를 발급합니다. 따라서 원도급업자는 발주처에 공사대금 전체를 매출로 발급하고, 하도급업체 세금계산서는 원도급업자의 매입 증빙으로 처리하는 구조입니다. 하도급대금은 원도급업자의 공사비용이지, 발주처에 청구하는 공급가액에서 바로 차감하는 항목은 아닙니다.
예를 들어 원도급업자가 발주처에 공사대금 1억 원을 청구하고 그중 3천만 원을 하도급업체에 지급한다면, 통상 원도급업자는 발주처에 1억 원의 공사 공급에 대한 세금계산서를 발급하고, 하도급업체는 원도급업자에게 3천만 원의 하도급 공사분 세금계산서를 발급합니다. 다만 계약금액이 부가가치세 포함 금액인지 불분명하면 공급가액은 받은 금액에 100/110을 곱해 계산합니다.
발주자가 하도급업체에 대금을 직접 지급하더라도, 그 사정만으로 세금계산서 발급 상대방이 자동으로 바뀌는 것은 아닙니다. 건설산업기본법상 직접 지급은 일정한 경우 하도급대금을 발주자가 하수급인에게 지급하는 방식이지만, 실제 세금계산서 발급은 계약 당사자와 공급 관계를 함께 확인해야 합니다. 하도급업체가 발주처와 직접 계약한 별도 공사분이거나 공동도급처럼 공급 구조가 다른 경우에는 발급 방식이 달라질 수 있습니다.
발주처와 체결한 도급계약의 공급자, 하도급계약의 당사자, 세금계산서상 공급받는 자, 대금 지급 경로가 서로 맞는지 확인해 처리하시는 것이 안전합니다. 세금계산서는 원칙적으로 공급시기에 발급하고, 일정한 월합계 발급 등 법정 요건을 갖춘 경우에는 공급일이 속한 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다.