직원 급여로 신고한 금액이 부인되었는데, 실질적으로 직원 통장으로 지급된 경우 소득처분은 어떻게 되나요?

급여가 실제 직원(근로자)에게 지급되어 그 직원에게 귀속된 것이 확인된다면, 그 금액을 대표자 상여가 아니라 해당 직원에 대한 상여로 소득처분하는 것이 원칙입니다.

법인세 신고에서 비용을 부인한 것은 회사의 손금으로 인정하지 않는다는 뜻이고, 실제로 돈을 받은 사람까지 자동으로 바뀌는 것은 아닙니다. 법인세법 제67조와 시행령 제106조에 따라 익금산입·손금불산입 금액이 회사 밖으로 나갔다면 실제 귀속자에 따라 처분하며, 귀속자가 임원이나 직원이면 상여로 봅니다. 따라서 직원 통장으로 송금된 자료는 직원에게 귀속됐다는 점을 뒷받침하는 증거가 될 수 있습니다.

다만 통장에 입금됐다는 사실만으로 직원 귀속이 확정되는 것은 아닙니다. 실제 근무 여부, 급여 산정 근거, 급여대장·근로계약서, 이체 내역, 돈을 직원이 실제 사용했는지 등을 함께 확인해야 합니다. 직원이 명의만 빌려주었거나 돈을 회사·대표자에게 다시 돌려준 정황이 있으면 실질적인 귀속자를 기준으로 처분이 달라질 수 있습니다. 귀속 자체가 불분명하다고 판단되면 대표자 상여로 처리될 가능성도 있습니다.

또한 급여를 손금에서 부인한 이유도 확인하셔야 합니다. 예를 들어 임원 급여지급기준 초과나 지배주주등에게 정당한 사유 없이 더 지급한 보수처럼 법령상 제한에 해당하는 경우와, 실제 근무나 지급 사실이 입증되지 않는 경우는 검토가 다릅니다. 급여 지급이 사실이고 직원에게 귀속된 것으로 확인되더라도, 손금불산입액의 소득처분과 직원의 근로소득 신고·원천징수 정리는 별도로 검토해야 합니다.

실무적으로는 급여를 부인한 사유와 해당 금액의 실제 사용처를 먼저 대조하고, 직원 귀속이 확인되면 수정신고서의 소득처분을 직원 상여로 반영하는 방향으로 검토하시면 됩니다. 직원에게 이미 급여로 신고한 금액과 소득처분액이 중복 반영되지 않도록 원천징수 신고 및 지급명세서 정정 여부도 함께 점검하셔야 합니다.