일본에서 번 사업소득에 일본 세금이 부과될 수 있지만, 일본에 개인사업자를 등록하고 일본 세금을 냈다고 해서 한국에서의 신고·납부 의무가 자동으로 없어지는 것은 아닙니다. 한국에 세법상 거주자로 살고 계시다면 한국 과세 여부도 함께 검토해야 합니다.
「소득세법」 제3조에 따라 거주자는 원칙적으로 국내외 모든 과세대상 소득에 대해 한국에서 과세됩니다. 다만 외국인 거주자 중 해당 과세기간 종료일 전 10년 동안 국내에 주소나 거소를 둔 기간의 합계가 5년 이하라면, 국외에서 발생한 소득은 국내에서 지급되거나 국내로 송금된 부분에 한해 과세됩니다. 따라서 이 기간 요건에 따라 일본 사업소득의 한국 과세 범위가 달라질 수 있습니다.
일본에서 실제로 세금을 내야 하는지는 일본의 세법과 한·일 조세조약, 사업을 실제로 어디에서 운영하는지 등으로 판단해야 합니다. 현재 주어진 정보만으로 일본 과세 여부나 세액을 확정할 수는 없습니다. 특히 일본에 사업자등록을 했다는 사실만으로 일본 세금이 반드시 확정되는 것도, 한국 세금이 면제되는 것도 아닙니다.
일본에서 낸 소득세가 있고 그 일본 소득이 한국 과세소득에 포함된다면, 요건을 충족하는 경우 한국에서 외국납부세액공제를 검토할 수 있습니다. 공제액은 외국에서 낸 세액 전부가 아니라 한국의 공제한도 안에서 인정될 수 있으며, 공제하지 못한 초과액은 일정 요건에 따라 다음 과세기간으로 이월될 수 있습니다. 일본 세금 납부증명과 소득·경비 자료를 보관해 두시는 것이 좋습니다. 한국에서 소득세가 발생하면 개인지방소득세도 별도로 검토해야 합니다.
실무적으로는 먼저 해당 과세기간의 한국 거주자 여부와 최근 10년간 국내 주소·거소 기간을 확인하고, 일본 사업소득의 총수입·필요경비 및 일본에서 실제 납부한 세금을 정리해 한국 신고와 외국납부세액공제 가능성을 검토하셔야 합니다.