용역이 부가가치세 과세 대상이면 전자계산서만 발급해서는 안 되고, 원칙적으로 세금계산서를 발급해야 합니다. 반대로 해당 용역이 부가가치세 면세 대상이면 세금계산서가 아니라 계산서(전자계산서 포함)를 발급하는 것이 맞습니다.
판단 기준은 계약서의 명칭이나 발급을 원하는 서류가 아니라, 실제 제공하는 용역이 부가가치세 과세인지 면세인지입니다. 부가가치세법 제32조는 과세되는 재화·용역을 공급할 때 세금계산서를 발급하도록 하고, 면세 공급은 그 발급 대상에서 제외합니다. 면세 거래의 계산서는 소득세법 제163조에 따른 증빙입니다.
따라서 계약 전에 용역의 구체적인 내용과 면세 요건을 확인하셔야 합니다. 용역이라는 이유만으로 모두 과세 또는 모두 면세가 되는 것은 아니므로, 면세 대상이라는 근거가 확인되지 않으면 전자계산서만 발급하는 방식은 피하는 것이 안전합니다. 과세 거래인데 계산서만 발급하면 세금계산서 발급의무를 이행하지 않은 것으로 문제될 수 있습니다.
세금계산서 발급의무가 면제되는 거래도 일부 있습니다. 예를 들어 법령에서 정한 특정 거래나 국내사업장이 없는 외국법인·비거주자에게 제공하는 일부 거래 등이 해당할 수 있지만, 일반적인 용역 계약에 자동으로 적용되는 예외는 아닙니다. 예외에 해당하는지는 거래 상대방과 용역의 성격을 따져야 합니다.
실무적으로는 계약서에 적힌 용역의 실제 내용에 따라 과세·면세 여부를 먼저 정한 뒤, 과세라면 세금계산서, 면세라면 계산서를 발급하시면 됩니다. 전자계산서는 면세 거래에 쓰는 계산서의 전자 발급 방식이지, 과세 거래의 세금계산서를 대신하는 서류는 아닙니다.
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