공사대금에서 고재값을 차감할 때 세금계산서는 총액과 차감액 중 어느 금액으로 발급해야 하나요?

고재값이 별도의 고재 매매대금이라면 공사대금은 차감 전 총액으로, 고재는 별도 공급가액으로 각각 세금계산서를 발급하는 것이 원칙적인 처리입니다. 공사대금에서 고재값을 빼서 실제 송금액만 세금계산서에 적는 방식은 적절하지 않을 수 있습니다.

부가가치세 과세표준은 공급한 재화·용역의 공급가액이며, 공급받는 자에게서 받는 금전적 가치가 있는 대가를 포함합니다. 따라서 공사 용역과 고재 공급이 각각 성립한다면, 대금을 서로 상계해 실제 지급액이 줄었더라도 각 공급의 대가를 따로 판단해야 합니다(부가가치세법 제29조제1항·제3항).

• 예시: 공사 용역 대가가 1,100만 원이고, 고재 대가가 110만 원이라면 두 거래가 별도 공급이라는 전제에서 공사 세금계산서는 공사대가 기준으로, 고재 세금계산서는 고재 대가 기준으로 발급합니다. 실제 정산금은 상계 후 금액일 수 있지만, 그것만으로 공사 용역의 공급가액이 줄어드는 것은 아닙니다.
• 고재값이 별도 고재 매매대금이 아니라 공사 용역 대가를 계약상 직접 깎아 주는 할인이라면, 공급조건에 따른 직접 할인액은 공급가액에서 제외될 수 있습니다(부가가치세법 제29조제5항제1호). 이 경우에는 고재를 별도로 공급한 거래인지, 공사대가를 할인한 것인지 계약서와 실제 인도·소유·처분 관계를 확인해야 합니다.
• 계약서에 적힌 ‘고재값 차감’ 문구만으로 결론이 정해지지는 않습니다. 고재의 소유권과 반출·처분 주체, 고재가 누구에게 인도됐는지, 고재값을 어떤 근거로 정산했는지를 함께 살펴보세요.

세금계산서에 적는 금액은 부가가치세 포함 여부도 구분해야 합니다. 대가에 부가가치세가 포함됐는지 불분명하면 받은 금액에 100/110을 곱한 금액을 공급가액으로 봅니다(부가가치세법 제29조제7항).