임원의 출퇴근을 위해 전용 운전기사를 두고 지급하는 수수료는 통상 임원의 개인적 편의를 위한 지출로 보아 부가가치세 매입세액 공제가 어렵습니다. 다만 실제로 회사 업무 수행을 위한 운전용역이고 그 업무 관련성이 입증되는 경우에는 달리 판단될 수 있습니다.
부가가치세법 제38조는 사업을 위해 공급받은 용역의 매입세액을 공제하도록 하지만, 제39조제1항제4호는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 매입세액을 공제하지 않도록 정합니다. 따라서 세금계산서를 받았거나 비용을 회사가 부담했다는 사실만으로 공제가 보장되지는 않습니다.
특히 질문처럼 용역의 주된 목적이 임원의 자택과 회사 사이 출퇴근이라면, 임원의 사적 편의를 위한 지출로 판단될 가능성이 큽니다. 반대로 거래처 방문·회의 참석 등 회사 업무를 위한 운행이라면 업무 목적, 운행 내용과 실제 사용 상황을 함께 살펴야 합니다. 운전기사 파견업체의 계약서와 청구서뿐 아니라 배차내역, 운행기록, 업무 일정 등으로 업무 관련성을 확인할 수 있도록 관리하시는 것이 좋습니다.
출퇴근과 업무 운행이 섞여 있다면 사적 운행분까지 전액 공제하지 않도록 구분할 필요가 있습니다. 다만 제공된 자료만으로는 혼합 사용 때 적용할 구체적인 안분 산식이나 공제 비율을 확정하기 어렵습니다. 차량 임차료·유지비의 매입세액은 운전기사 수수료와 별도의 판단 대상이므로, 기사 용역 수수료와 구분해 검토하셔야 합니다.