용역업무에 인건비가 포함됐다는 이유만으로 인건비를 별도로 세금계산서로 통합발행해야 하는 것은 아니며, 보통은 고객에게 공급한 용역의 전체 대가를 공급가액으로 세금계산서에 발급합니다.
직원을 고용해 용역을 수행한 경우 직원 급여는 사업자의 내부 비용입니다. 고객에게 공급한 용역의 대가에 인건비가 포함되어 있다면, 계약상 용역대가 전체를 기준으로 세금계산서를 발급하는 것이 원칙입니다. 인건비 부분을 고객이 별도로 부담하거나 계약서에 구분해 적었다고 해서 자동으로 별개의 세금계산서를 발급하는 것은 아닙니다. 부가가치세법 제29조는 과세표준을 해당 과세기간의 공급가액 합계로 정하고, 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 대가를 공급가액에 포함하도록 규정합니다.
다만, ‘통합발행’이 여러 차례 제공한 용역을 한 장의 세금계산서로 모아 발급한다는 뜻이라면, 발급을 한 장으로 합칠 수 있는지는 거래 형태와 세금계산서 발급 시기에 따라 달라집니다. 세금계산서는 원칙적으로 용역 공급시기에 발급해야 하므로, 인건비가 있다는 사정만으로 발급 시기나 합산 방식이 달라지지는 않습니다.
용역 수행자가 직원이 아니라 외부 프리랜서·하도급업체인 경우에는 그 외부 인력이 누구에게 용역을 공급하고 대금을 받는지에 따라 거래가 달라질 수 있습니다. 외부 업체가 귀사에 용역을 공급한 것이라면 외부 업체와 귀사 사이의 별도 거래이고, 귀사가 고객에게 공급하는 용역의 세금계산서와는 구분해 판단해야 합니다. 반대로 고객이 외부 인력과 직접 계약하고 대금을 지급한다면 귀사의 용역대가에 그 인건비를 포함할지는 계약 관계에 따라 달라집니다.
따라서 계약서에서 용역 공급자, 대금 지급 상대방, 인건비가 용역대가에 포함되는지를 확인한 뒤, 귀사가 고객에게 공급하는 용역의 전체 대가를 기준으로 발급하시면 됩니다. 과세 용역 공급에는 세금계산서 발급이 원칙이지만, 법령상 발급 예외가 적용되는 거래인지도 별도로 확인해야 합니다.