겸영사업자의 공통매입세액 안분 생략 시 예정신고 시점의 5만원 미만 기준이 적용되는지, 아니면 확정신고 시점까지의 6개월 합계액이 5만원 미만이어야 하는지 궁금합니다.

예정신고 때 공통매입세액이 4만원 미만이라는 사실만으로는 5만원 미만 특례를 적용한다고 단정하기 어렵고, 해당 과세기간 전체(통상 6개월)의 공통매입세액 합계가 5만원 미만인지를 기준으로 판단하는 것이 타당합니다.

부가가치세법 시행령 제81조제2항제2호는 해당 과세기간 중 공통매입세액이 5만원 미만인 경우 그 매입세액을 공제되는 매입세액으로 보도록 정합니다. 반면 같은 조 제1항은 예정신고 때 예정신고기간의 공급가액 비율로 안분하고, 확정신고 때 정산하도록 규정합니다. 예정신고기간에 한정해 5만원 기준을 적용한다는 별도 문구는 제시된 규정에 없습니다.

따라서 예정신고 때 4만원을 전액 공제했더라도, 확정신고 때에는 예정신고분과 이후 확정신고분을 합친 과세기간 전체 공통매입세액으로 5만원 미만 여부를 다시 판단하시는 편이 안전합니다.

• 6개월 합계가 5만원 미만이면 제2호 특례에 따라 전액 공제 대상입니다.
• 6개월 합계가 5만원 이상이면 제2호 특례는 적용되지 않습니다. 이 경우 일반 안분 규정에 따라 면세사업등 관련분을 계산하고, 예정신고 때 처리한 금액도 확정신고 때 정산해야 합니다.

예를 들어 예정신고분이 4만원이고 이후 매입분이 1만원이면 합계가 정확히 5만원이므로 ‘5만원 미만’이 아니어서 이 특례에 해당하지 않습니다. 다만 예정신고 때 4만원만 있는 상태에서 전액 공제한 처리가 최종적으로 맞는지는, 과세기간 전체 합계와 공급가액·면세비율에 따른 확정신고 정산 결과로 판단해야 합니다.