주식은 감정평가액보다 거래가격이나 법령에 정해진 주식 평가방법을 우선 적용하도록 규정되어 있어, 부당행위계산 부인에서 감정가액을 시가로 쓰지 않습니다. 다만 주식 자체의 감정가액을 배제한다는 뜻이지, 주식을 발행한 회사가 보유한 부동산 등 다른 자산의 감정평가까지 항상 배제한다는 뜻은 아닙니다.
법인세상 시가가 분명하지 않을 때는 감정가액을 먼저 검토하는 것이 원칙이지만, 주식과 가상자산은 그 감정가액 적용 대상에서 제외됩니다. 주식은 거래가격이 있으면 그 가격을 살피고, 시가가 불분명하면 상속세 및 증여세법의 평가 규정을 준용하는 순서입니다. 비상장주식은 이 평가방법에 따라 순손익가치와 순자산가치 등을 계산할 수 있습니다.
이렇게 별도 평가방법을 두는 이유는 법령에 구체적인 입법 취지가 설명되어 있지는 않습니다. 다만 주식은 회사의 수익·자산과 주식의 종류·권리관계 등을 반영해 평가해야 하므로, 감정기관의 개별 판단보다 거래가격 또는 통일된 법정 평가기준을 사용하도록 한 것으로 이해할 수 있습니다. 이는 규정 구조에 따른 설명이며, 법령에 명시된 이유라고 단정할 수는 없습니다.
개인의 양도소득 부당행위계산에서도 기본적으로 상속세 및 증여세법상 평가 규정을 준용합니다. 비상장주식 자체의 감정가액은 시가로 인정되지 않는다는 점에 유의하셔야 합니다. 반면 상장주식은 거래 방식에 따라 거래소 최종시세가액 등을 시가로 삼는 별도 규정이 있으므로, 상장 여부와 장외거래·대량매매 여부를 나누어 판단해야 합니다.