자회사 B의 매입처 C가 세금계산서를 모회사 A로 잘못 발행하여 작년 매입세액을 공제받았는데, 이를 정산하기 위해 A가 B로 매출세금계산서를 발행할 경우 부가가치세 신고서상 과세표준을 어떻게 작성해야 하나요?

A가 B에 실제 재화·용역을 공급한 것이 아니라 잘못 발급된 매입세금계산서의 부담액만 정산하는 것이라면, 그 정산액을 A의 매출로 신고하거나 A가 B에 매출세금계산서를 발급하는 방식으로 처리하면 안 됩니다. 따라서 이 정산만으로 A의 부가가치세 신고서 과세표준에 금액을 넣지 않습니다.

세금계산서는 실제 공급거래를 기준으로 발급해야 합니다. A와 B가 돈을 주고받기로 했다는 사정만으로 A가 B에 공급한 거래가 생기는 것은 아닙니다. 잘못 발급된 C의 세금계산서를 A→B 세금계산서로 바꾸면 실제 공급자와 거래관계가 다른 새 세금계산서가 되어, 매입세액 공제와 신고 내용에 문제가 생길 수 있습니다.

우선 처리할 일은 C가 당초 세금계산서를 정정하는 것입니다. C가 공급받는 자를 착오로 A로 적은 경우라면, 수정세금계산서로 A에게 발급한 기존 세금계산서를 취소하고 실제 공급받은 B를 공급받는 자로 한 세금계산서를 발급하는 방식이 원칙적인 정리 방향입니다. 다만 수정 발급은 착오에 해당하는지, 과세표준·세액을 과세관청이 고칠 것을 미리 알고 있는 상황인지 등에 따라 가능 여부와 절차가 달라질 수 있습니다.

신고는 다음처럼 나누어 검토하셔야 합니다.

• A: 작년 신고에서 해당 매입세액을 공제했다면, 잘못 공제한 신고를 바로잡아야 합니다. 정산을 이유로 올해 매출로 잡는 것이 아니라, 당초 공제한 과세기간의 신고를 수정하는 방식인지 검토합니다.
• B: C가 B 앞으로 적법하게 정정 발급한 세금계산서를 바탕으로 매입세액 공제를 검토합니다. 발급·신고 시점에 따라 해당 과세기간 신고에서 공제할지, 수정신고·경정청구 등으로 처리할지가 달라질 수 있습니다.
• A가 B에 실제로 별도의 재화·용역을 공급한 경우: 그 별도 거래의 실제 공급가액은 A의 과세표준에 포함될 수 있습니다. 단순한 비용 정산인지, A가 B에 공급한 대가인지 계약·거래 실질을 구분해야 합니다.

부가가치세법 제32조제7항과 시행령 제70조제1항제5호는 필요적 기재사항을 착오로 잘못 적은 세금계산서의 수정 발급을 정하고 있습니다. 또한 공급가액 과세표준은 실제 재화·용역 공급의 대가를 기준으로 하므로, 실제 공급이 없는 단순 정산액을 매출 과세표준에 넣는 근거는 제시된 규정에서 찾기 어렵습니다. 이미 작년 신고가 끝났더라도 ‘서로 정산하기로 했다’는 이유만으로 A의 매출세금계산서를 발급하기보다는, C의 원본 세금계산서 정정과 A·B의 당초 매입세액 신고를 함께 맞춰 처리하시는 편이 안전합니다.