연구소가 따로 있다는 이유만으로 항상 별도 사업자등록을 해야 하는 것은 아니며, 그 연구소가 사업상 거래를 하는 별도의 사업장인지에 따라 달라집니다.
부가가치세법상 사업장은 사업자가 사업을 위해 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소입니다. 따라서 연구소에서 외부에 용역을 제공하거나 재화를 공급하는 등 사업 거래를 한다면, 별도 사업장으로 등록해야 할 수 있습니다. 반면 본점의 지휘 아래 연구·개발만 하고 연구소 자체에서 거래가 이루어지지 않는다면, 별도 등록 대상인지 여부는 실제 운영 형태를 따져 판단해야 합니다. 제공된 기준만으로는 연구소라는 명칭이나 연구 활동만으로 등록 의무가 생긴다고 단정할 수 없습니다.
법인이라면 법인세법상 사업자등록은 사업장마다 하며, 사업 개시일부터 20일 이내 신청하는 것이 원칙입니다. 부가가치세법상 사업장에 해당하는 경우에는 사업장 관할 세무서에 등록합니다. 사업장이 둘 이상인 사업자는 요건에 따라 본점 또는 주사무소에서 사업자 단위로 등록하는 방법도 있습니다. 법인이 부가가치세법에 따라 사업자등록을 했다면 해당 사업에 관해 법인세법상 등록을 한 것으로 봅니다.
또한 부가가치세법상 별도 사업장 기준에 딱 들어맞지 않는 장소라도, 사업자가 신청하면 추가 사업장으로 등록할 수 있습니다. 따라서 연구소가 본점과 분리된 장소에서 실제로 어떤 업무를 하고, 외부 거래나 별도 사업 운영이 있는지를 기준으로 판단하시면 됩니다.