발행 당시에는 맞았으나 이후 계약 변경으로 인해 수정세금계산서를 발행할 경우 가산세가 부과되나요?

발급 당시에는 금액이 맞았고 나중에 선금액이 바뀐 것이라면, 처음부터 잘못 발급한 착오정정으로 처리할 사안은 아닙니다. 다만 말씀하신 문서가 부가가치세 세금계산서가 아니라 일반 계산서라면, 아래 세금계산서 처리방법을 그대로 적용할 수는 없습니다.

부가가치세 세금계산서에 해당한다면, 계약 변경으로 공급가액이 줄어든 경우에는 감액된 금액만큼 수정세금계산서를 발급하는 방식입니다. 감액 사유가 발생한 날을 작성일로 하고, 비고란에는 처음 작성일을 적습니다. 따라서 38억 원 전부를 취소하는 게 아니라 실제로 줄어든 금액만 반영합니다. 이는 부가가치세법 시행령 제70조제1항제3호의 공급가액 변동에 해당합니다.

하지만 일반 계산서라면 위 규정은 세금계산서에 관한 것이므로, 이 자료만으로 계산서의 수정 방법이나 가산세 여부를 확정할 수 없습니다. 특히 이후 계약변경에 따른 감액을 착오정정으로 표시하면 실제 사유와 맞지 않을 수 있습니다. 변경된 계약서나 부처의 감액 요청 등으로 변경 시점과 금액을 확인해 두시고, 일반 계산서의 수정·가산세는 해당 거래에 적용되는 별도 규정을 확인해야 합니다. 앞서 안내한 계산서 가산세율을 이번 건에 바로 적용해 가산세가 발생한다고 단정할 수는 없습니다.