양도소득세 때 이미 처리한 매입세액을 부가세 신고 시 전표 입력 후 불공제 사유를 사업과 관련 없는 지출로 처리해야 하나요?

양도소득세 계산 때 매입 부가가치세를 이미 취득가액 등에 반영했다는 이유만으로, 부가가치세 신고에서 그 매입을 ‘사업과 관련 없는 지출’로 불공제 처리하는 것은 아닙니다. 실제 지출 목적과 불공제 사유에 맞게 신고하셔야 합니다.

부가가치세 매입세액은 원칙적으로 사업에 사용하기 위한 재화·용역에 대해 공제하지만, 법에서 정한 불공제 사유에 해당하면 공제할 수 없습니다(부가가치세법 제38조·제39조). 따라서 전표를 입력하더라도 매입세액을 공제받지 않을 것이라면, 불공제 사유는 거래의 실제 성격에 따라 선택해야 합니다.

• 사업과 무관한 개인적 지출이면 사업과 직접 관련 없는 지출로 처리합니다.
• 토지 취득·조성 등 토지 관련 지출이면 토지 관련 매입세액에 해당할 수 있습니다.
• 면세사업에 사용한 지출, 업무용으로 인정되지 않는 일정 자동차 관련 지출, 기업업무추진비 관련 지출 등은 각각 해당 불공제 사유로 봅니다.
• 세금계산서 미수취·필요적 기재사항 오류 등 증빙 문제라면 그 사유에 맞춰 판단합니다. 다만 시행령에서 정한 예외에 해당하면 공제가 가능한 경우도 있습니다.

특히 양도소득세에서 자산 취득 관련 매입세액을 취득가액에 포함해 반영했다면, 부가가치세 신고에서 그 매입세액을 공제받을 수 있는지와 함께 양도소득세 취득가액에 같은 금액을 중복 반영하지 않도록 검토해야 합니다. 반대로 부가가치세법상 공제되지 않는 매입세액은 소득세법상 일정한 경우 사업소득 필요경비가 될 수 있지만, 양도자산 취득 관련 금액은 해당 자산의 취득가액 처리와 구분해 확인해야 합니다.

따라서 해당 전표의 매입 대상이 무엇인지 확인한 뒤, 공제 대상이면 적격 증빙과 사업 관련성을 갖춰 공제하고, 불공제 대상이면 실제 사유로 불공제 처리하세요. ‘이미 양도소득세에 반영했다’는 이유만으로 ‘사업과 무관’으로 분류하면 안 됩니다. 양도소득세 신고에서 어떤 자산의 취득가액으로 처리했는지, 부가가치세 매입이 토지·건물·수선비 중 무엇인지에 따라 정리가 달라질 수 있습니다.