건물 양도 시 매입세액 불공제 사유를 필요적 기재사항 누락이 아닌 면세사업 등 관련으로 처리하는 것이 맞나요?

건물을 양도했다는 이유만으로 매입세액을 ‘면세사업등 관련’으로 불공제 처리하는 것은 아닙니다. 불공제 사유는 해당 매입이 실제로 어떤 용도로 쓰였는지와 세금계산서 등 증빙에 문제가 있는지를 기준으로 구분해야 합니다.

• 필요적 기재사항 누락·오류는 세금계산서를 발급받지 못했거나, 공급자·공급받는 자 등록번호, 공급가액·세액, 작성일자 등 법정 필수사항이 누락되거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당합니다. 거래 사실이 확인되는 등 시행령상 예외가 있으면 공제될 수도 있습니다.
• 면세사업등 관련은 건물 취득·공사 등에 든 매입이 면세사업에 실제로 사용되었거나, 과세사업과 면세사업에 함께 사용되어 면세사업 몫을 구분해야 하는 경우에 검토합니다. 과세·면세 겸용이라면 실제 사용관계에 따라 나누어야 할 수 있습니다.
• 건물을 과세사업에 사용하다 양도한 경우라면, 양도 사실만으로 과거 매입세액이 면세사업 관련으로 바뀌지는 않습니다. 반대로 처음부터 면세사업에 사용한 건물의 취득·공사 매입세액이라면 면세사업 관련 불공제 여부를 검토합니다.

따라서 전표의 매입 대상이 건물 취득비·공사비인지, 또는 양도와 관련해 받은 세금계산서인지부터 구분해 보셔야 합니다. 세금계산서 내용이 정확하고 매입이 과세사업용이라면, 두 불공제 사유 중 하나를 억지로 선택하기보다 공제 가능성을 먼저 검토하는 것이 맞습니다. 면세사업 사용분이라면 면세사업 관련으로, 증빙의 필수사항에 문제가 있다면 해당 증빙 사유로 처리합니다. 부가가치세법 제38조는 사업에 사용하기 위한 매입세액의 공제를 원칙으로 하고, 제39조는 공제하지 않는 경우를 별도로 정하고 있습니다.