사업자단위과세 신고서에는 임대매출을 임대 부동산이 속한 사업장으로 구분해 기재하고, 전체 신고는 사업자단위과세 적용 사업장에서 한 번에 하시면 됩니다. 말씀하신 것처럼 임대공간이 2층이고 본점 사업장으로 등록된 곳이 3~5층이라면, 같은 건물이라는 이유만으로 2층 임대매출을 본점 사업장 매출로 합쳐 적는 것은 적절하지 않습니다.
부가가치세에서 부동산 임대업의 사업장은 원칙적으로 임대 부동산의 등기부상 소재지입니다. 사업자단위과세는 여러 사업장의 부가가치세 신고·납부를 본점 또는 주사무소에서 통합해 처리하는 제도이지, 각 사업장의 매출 귀속을 본점으로 바꾸는 제도는 아닙니다.
따라서 신고서에 사업장별 과세표준·납부세액 명세를 작성할 때는 다음처럼 구분하는 것이 기본입니다.
다만 층이 다르다는 사실만으로 사업장이 별개인지가 자동으로 확정되는 것은 아닙니다. 임대 부동산의 등기상 소재지와 사업자등록에 기재된 종된 사업장 명세를 대조해, 2층 임대사업장이 별도로 등록돼 있는지 확인하셔야 합니다. 등록 내용이 실제 사업장 구성과 다르면 사업자등록 정정이 필요할 수 있고, 종된 사업장을 신설·이전하거나 폐업하는 경우에는 정정신고 대상입니다. 주사업장 총괄납부와 달리 사업자단위과세의 포기는 별도 절차와 적용 시기가 있으므로, 현재 사업자단위과세를 유지 중이라면 임의로 본점 매출로 옮기지 않는 편이 안전합니다.
별도 사업장 등록 여부와 신고서의 사업장별 명세가 불일치하면 신고 적정성 문제가 생길 수 있습니다. 실제 신고 전에는 사업자등록증 및 종된 사업장 명세에 표시된 주소·사업장 구분을 기준으로 임대매출을 대조해 정리하시기 바랍니다.