국고보조금은 공통매입세액 안분 계산 시 포함되나요?

국고보조금은 면세사업등과 관련해 받았고 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 금액이라면 공통매입세액 안분 계산에 포함됩니다. 면세사업등에 관련된 매입세액을 계산할 때는 해당 보조금을 면세공급가액에 더하고, 총공급가액에도 포함합니다.

「부가가치세법 시행령」 제81조제1항은 공통매입세액 중 면세사업등에 관련된 부분을 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액으로 계산하도록 합니다. 이때 면세공급가액에는 면세사업등과 관련해 받았지만 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금·공공보조금 및 이와 유사한 금액도 포함됩니다. 총공급가액은 해당 공통매입세액과 관련된 과세사업 공급가액과 면세공급가액의 합계이므로, 해당 보조금도 계산에 반영됩니다.

다만, 보조금의 성격과 관련 사업을 구분하는 것이 중요합니다.

• 면세사업등과 관련된 비과세 보조금: 면세공급가액 및 총공급가액에 포함합니다.
• 과세사업과 관련된 보조금: 면세사업등 관련 금액으로 보아 면세공급가액에 더하는 것은 아닙니다. 보조금이 실제 재화·용역 공급의 대가라면 과세표준에 포함되는 공급가액인지 별도로 판단해야 합니다.
• 과세사업·면세사업 중 어느 쪽과 관련됐는지 불분명한 보조금: 제공된 기준만으로 면세공급가액에 포함할지 단정하기 어렵습니다. 보조금 교부 목적, 협약 내용, 사용 내역과 회계처리를 확인해 관련 사업을 구분해야 합니다.

또한 매입세액은 먼저 실제 사용처를 따져 과세사업 또는 면세사업등에 직접 귀속되는지 구분하고, 그 구분이 불가능한 부분에 대해서만 공통매입세액으로 안분합니다. 따라서 보조금으로 비용을 지출했다는 이유만으로 그 비용의 매입세액이 자동으로 공통매입세액이 되는 것은 아닙니다.