입금확인서만으로는 돈을 보냈다는 사실은 입증할 수 있지만, 어떤 재화·용역을 업무상 공급받았는지와 그 지출이 사업 관련 비용인지까지 충분히 증명하기는 어렵습니다. 다만 다른 객관적 자료로 거래 내용과 업무 관련성을 확인할 수 있으면 비용 인정 여부를 검토할 수 있습니다.
법인이 사업자로부터 재화나 용역을 공급받아 대금을 지급한 경우, 원칙적으로 세금계산서·계산서·신용카드매출전표·현금영수증 중 해당 거래에 맞는 증빙을 받아 보관해야 합니다. 입금확인서는 이 정규 증빙을 대신하지 않습니다. 법인세법상 이 증빙 의무가 면제되는 거래도 있지만, 입금확인서만으로 면제되는 것은 아닙니다.
적격증빙을 받아야 하는 거래에서 이를 받지 못했더라도 실제 지출과 업무 관련성이 객관적으로 확인되면 비용(손금)으로 인정될 여지는 있습니다. 그러나 증빙 미수취에 따른 가산세 문제는 별도로 판단합니다. 법인이 적격증빙을 받아야 하는 거래에서 이를 받지 않으면, 일반적으로 건당 3만원을 초과한 미수취 금액의 2%가 증명서류 수취 불성실 가산세로 문제될 수 있습니다. 건당 3만원 이하 거래 등 법령상 예외가 적용되는지는 거래 상대방과 거래 종류를 함께 봐야 합니다.
지금은 입금확인서와 함께 다음 자료를 확보해 거래의 실체를 보완하시는 것이 좋습니다.
견적서는 거래 전 가격을 확인하는 자료라서 없더라도 그 자체로 비용 처리가 불가능해지는 것은 아닙니다. 다만 현재처럼 입금확인서만 있다면 거래 내용 증명이 부족할 수 있으므로, 거래처에 적격증빙을 요청하고 실제 공급·업무 목적을 보여주는 자료를 함께 보관하세요. 법인세 신고 시 손금 인정 및 가산세 적용 여부는 실제 거래 내용과 적격증빙 수취 의무의 예외 해당 여부를 세무사와 구분해 검토하시는 편이 안전합니다.