법인 명의 차량에 부과되는 자동차세 자체는 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아닙니다. 자동차세는 차량 소유에 대해 부과되는 지방세이지, 사업자가 재화나 용역을 공급받으며 부담한 부가가치세가 아니기 때문입니다.
부가가치세 매입세액 공제는 사업을 위해 재화·용역을 공급받거나 재화를 수입하면서 부담한 부가가치세를 매출세액에서 빼는 제도입니다. 따라서 자동차세 고지서에 적힌 금액을 부가가치세 신고 때 매입세액으로 공제할 수는 없습니다.
다만 자동차세와 차량의 구입·임차·유지비에 붙은 부가가치세는 구분해야 합니다. 차량 구입비나 수리비 등에 포함된 부가가치세는 차량 종류와 사업상 사용 용도에 따라 공제 여부가 달라집니다. 특히 개별소비세 과세 대상 승용차의 구입·임차·유지 관련 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않지만, 운수업 등 일정한 업종에서 차량을 직접 영업에 사용하는 경우에는 예외가 될 수 있습니다. 자동차세를 비용으로 처리할 수 있는지는 부가가치세 공제와 별개의 회계·법인세 문제입니다.