권리금을 넘겨받기 위해 직접 지급한 중개·알선 수수료라면, 일반적으로 권리금의 취득원가에 포함할 수 있습니다. 다만 수수료가 권리금 취득과 직접 관련된 비용이어야 하며, 단순한 사후 자문료나 별개의 업무에 대한 대가는 구분해야 합니다.
소득세법상 매입으로 취득한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세 등 부대비용을 더해 계산하고, 양도소득세에서도 취득가액 계산에 관한 기준을 준용합니다. 권리금 자체가 사업상 이점이나 영업상 이점을 유상으로 취득한 금액이라면, 이를 취득하기 위해 실제 지급한 수수료도 그 취득에 딸린 비용인지가 판단의 핵심입니다.
계약서에 권리금과 수수료를 구분해 적고, 세금계산서·현금영수증·이체내역과 함께 수수료 산정 및 지급 근거를 보관해 두시는 것이 좋습니다. 수수료가 권리금 취득을 위한 대가라는 점을 설명할 자료가 부족하면 취득원가로 인정받기 어려울 수 있습니다. 개인사업자의 양도소득세인지, 법인의 감가상각자산 취득가액인지에 따라 회계·세무 처리가 달라질 수 있으므로 해당 거래의 세무상 목적도 함께 확인해야 합니다.