서비스 수수료가 개별소비세 과세대상 비영업용 승용자동차의 구입·임차·유지와 관련된 비용이라면, 그 수수료에 포함된 부가가치세 매입세액도 원칙적으로 공제받지 못합니다.
부가가치세법 제39조제1항제5호는 일정한 예외 업종에 직접 영업용으로 쓰는 경우를 제외하고, 개별소비세 과세대상 자동차의 구입·임차·유지 관련 매입세액을 불공제하도록 합니다. 따라서 차량 정비·관리나 임차와 관련해 별도로 청구된 수수료라도 해당 차량의 유지·임차 비용에 해당하면 불공제 처리하는 것이 원칙입니다.
다만 ‘서비스 수수료’라는 명칭만으로 결정되지는 않습니다. 차량 관련 비용인지, 차량과 별개의 독립된 용역인지 실제 계약 내용과 제공 내역을 확인해야 합니다. 차량 구입·임차·유지와 직접 관련된 수수료라면 불공제 가능성이 높고, 차량과 무관한 별도 용역이라면 사업 관련성 및 적격 증빙 등 일반 공제 요건으로 판단합니다.
또한 운수업·자동차판매업·자동차임대업·운전학원업·기계경비업 등에서 해당 자동차를 직접 영업에 사용하는 경우에는 예외적으로 공제될 수 있습니다. 불공제는 수수료 전체를 비용 처리하지 못한다는 뜻이 아니라, 청구액 중 부가가치세를 매출세액에서 공제하지 못한다는 의미입니다. 실제 처리 시에는 수수료 청구서나 계약서에서 수수료의 대상과 제공 내용을 확인해 차량 관련 비용인지 구분해 두시는 것이 좋습니다.