공동사업자를 추가하거나 탈퇴시키는 변경은 사업자등록 정정 대상이며, 홈택스를 통한 온라인 제출이 가능합니다.
부가가치세법 시행령 제14조는 공동사업자의 구성원이나 출자지분이 바뀌면 사업자등록 정정신고서를 제출하도록 하고, 국세정보통신망을 통한 제출도 허용합니다. 공동사업자는 사업자등록을 할 때 공동사업자와 손익분배비율 등도 함께 신고해야 하므로, 변경된 구성원·지분 내용이 등록에 반영되도록 정정 신청을 하셔야 합니다.
신청할 때는 변경 내용을 적은 사업자등록 정정신고서를 제출하고, 정정 신고에는 기존 사업자등록증을 첨부하는 것이 원칙입니다. 공동사업자 명세 등 변경 내용에 따라 관련 서류도 제출해야 할 수 있습니다. 신청을 받은 세무서는 일반적으로 신고일부터 2일 이내 변경 내용을 확인해 정정된 사업자등록증을 발급합니다.
소득세법상 공동사업장 변경 신고도 별도로 살펴보셔야 합니다. 대표공동사업자는 공동사업자나 약정한 손익분배비율 등이 바뀌면 그 변동 내용을 신고해야 하고, 사업자등록 정정 때 변동 내용을 신고한 경우에는 별도의 공동사업장 변경 신고서를 제출한 것으로 봅니다. 다만 해당 신고 규정의 개정 적용은 최초로 신고내용에 변동이 발생한 시점에 따라 달라질 수 있으므로, 변동일이 개정 규정 적용 기준과 맞물리는 경우에는 적용 시점을 확인하셔야 합니다.
공동사업자 또는 손익분배비율을 사실과 다르게 신고하거나, 신고 대상인 변경을 신고하지 않은 경우에는 요건에 따라 가산세가 발생할 수 있습니다. 따라서 실제 변경 내용을 반영해 지체 없이 정정 신청하고, 공동사업자 간 변경 합의서나 동업계약서 등 변경 사실을 확인할 자료도 함께 준비하시는 편이 좋습니다.