부가세 500만원을 환급받아도 소득금액증명원에 ‘마이너스 500만원’으로 표시되지는 않습니다. 부가세 환급은 사업소득에서 500만원을 빼는 것이 아니라, 부가세 신고에서 환급받는 세액입니다.
소득금액증명원에 표시되는 사업소득은 매출에서 필요경비 등을 반영해 계산합니다. 부가세 매출세액은 사업소득 계산 때 총수입금액에 넣지 않고, 매입세액도 원칙적으로 공제받는 세액이라 필요경비에 넣지 않습니다. 따라서 일반적인 매입세액 환급이라면 환급액 자체가 소득을 줄이는 금액으로 반영되지 않습니다(소득세법 제26조제9항, 제33조제1항제9호).
다만, 매입세액 공제를 받을 수 없어 사업자가 부담한 부가세 중 법령상 필요경비에 포함되는 예외가 있습니다. 그런 부가세를 과거에 필요경비로 처리한 뒤 나중에 환급받거나 정산했다면 회계·세무처리를 별도로 확인해야 합니다. 이는 ‘환급액만큼 소득금액증명원에서 자동으로 차감’되는 것과는 다른 문제입니다.
즉, 질문하신 500만원이 통상적인 부가세 환급액이라면 소득금액증명원에 마이너스 500만원으로 잡히지 않습니다.