간이과세자가 세금계산서를 발급할 수 있는 사업자이고 적법하게 발급한 종이세금계산서라면, 종이라는 이유만으로 증빙이 무효가 되지는 않으며 매입세액 공제도 가능할 수 있습니다. 다만 공제액은 받는 사업자가 일반과세자인지 간이과세자인지에 따라 다릅니다.
먼저 공급자인 간이과세자가 세금계산서를 발급할 수 있는 경우였는지 확인하셔야 합니다. 신규사업자나 직전연도 공급대가 합계액이 4,800만원 미만인 간이과세자 등 세금계산서를 발급할 수 없는 사업자가 발급한 것이라면, 종이 서류를 받았더라도 적법한 세금계산서로 보기 어려워 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 주로 소비자에게 공급해 영수증을 발급해야 하는 업종 등도 발급 가능 여부를 따져야 합니다.
또한 세금계산서가 적법하게 발급됐더라도 사업과 직접 관련 없는 지출, 면세사업 관련 매입, 업무용으로 인정되지 않는 일부 차량 관련 지출 등 법에서 공제하지 않는 매입세액은 공제할 수 없습니다. 공급자 등록번호·공급가액 등 기재사항과 실제 거래 내용도 확인하고, 신고 시 해당 세금계산서의 합계표를 함께 제출하시는 것이 안전합니다.
따라서 종이세금계산서 자체는 문제가 아니며, 공급자의 발급 자격, 실제 사업 관련 거래인지, 매입세액 불공제 사유가 있는지가 공제 여부를 가릅니다. 간이과세자의 0.5% 공제 방식은 2021년 7월 1일 이후 공급받은 거래부터 적용됩니다.