과소신고가산세의 기준은 누락 매출액이나 그 매출에 붙는 부가가치세만이 아니라, 다시 계산했을 때 늘어나는 과소신고 납부세액입니다.
일반적인 부가가치세 과소신고라면 과소신고 납부세액의 10%가 과소신고가산세입니다. 매출 누락으로 매출세액이 늘더라도, 관련 매입세액 등 공제 항목을 반영한 뒤 실제로 추가 납부할 세액이 기준이 됩니다. 이미 환급을 더 많이 신고했다면 초과신고한 환급세액도 기준 금액에 포함됩니다.
따라서 질문하신 거래에서는 수정신고를 다시 계산해 당초 신고보다 납부할 부가가치세가 얼마나 늘어나는지를 확인한 뒤, 그 금액을 과소신고가산세 계산의 기준으로 삼으시면 됩니다. 다만 세금계산서 미발급 가산세는 이 과소신고가산세와 별도로 검토되는 항목입니다. 영세율 매출을 누락한 경우에는 해당 영세율 과세표준에 대한 추가 가산세가 적용될 수 있습니다.
근거는 국세기본법 제47조의3입니다. 세무서가 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우에는 수정신고에 따른 가산세 감면이 제한될 수 있습니다.