연말정산에서는 간소화자료 등을 반영해 전체 근로소득의 결정세액을 계산한 뒤, 실제로 원천징수된 기납부세액을 빼서 추가 납부액이나 환급액을 정합니다. 두 직장의 기납부세액을 기준으로 결정세액 자체를 나누는 방식은 아닙니다.
두 곳에서 받은 근로소득은 원칙적으로 합산해 연말정산합니다. 주된 근무지에서 종된 근무지의 근로소득을 더하고, 공제신고서에 반영된 소득·세액공제를 적용해 결정세액을 계산합니다. 그 다음 두 직장에서 실제 원천징수된 세액을 합산해 차감합니다.
따라서 흐름은 다음과 같습니다.
다만 ‘네트급여 안분’이 회사와 근로자 사이의 세후 급여 보장액을 회사별로 배분하는 약정이라면, 그 안분 공식은 위 연말정산 계산과 별개의 계약·급여정산 문제입니다. 제공된 기준만으로는 어느 회사가 최종 세금을 얼마 부담해야 하는지 정할 수 없습니다. 세무상 연말정산 결과는 전체 결정세액과 실제 원천징수액의 차액으로 확인하시고, 회사 간 부담 배분은 네트급여 약정 및 급여 산정 내역을 별도로 확인하셔야 합니다.
두 직장 근로소득을 합산해 연말정산하려면 종된 근무지의 근로소득 원천징수영수증을 주된 근무지에 제출해야 합니다. 해당 과세기간 종료일까지 주된·종된 근무지를 정해 신고하는 절차도 규정되어 있습니다.