일반 법인 회사가 수익사업을 하지 않는 비영리법인인 교회에 공사를 진행할 때 전자세금계산서나 전자계산서 발행이 가능한가요?

공사가 부가가치세 과세 대상이라면 회사는 교회가 수익사업을 하지 않는 비영리법인이더라도 전자세금계산서를 발급할 수 있고, 법인사업자는 원칙적으로 전자세금계산서로 발급해야 합니다. 이 거래에 전자계산서를 대신 발급하는 것은 아닙니다.

세금계산서는 과세되는 재화·용역을 공급할 때 발급하는 증빙이고, 계산서는 부가가치세가 면제되는 거래에 사용하는 증빙입니다. 따라서 발급 종류는 교회의 비영리 여부나 공사대금의 사용 목적이 아니라 공사 용역 자체가 과세인지 면세인지에 따라 판단합니다. 일반적인 공사 용역이 과세 거래라면 세금계산서를 발급하고, 면세 거래라면 그때에만 계산서 발급 여부를 검토합니다.

부가가치세법상 과세 용역을 공급하는 사업자는 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하는 것이 원칙이며, 법인사업자는 전자세금계산서를 발급해야 합니다. 세금계산서에는 공급자 등록번호와 명칭, 공급받는 자의 등록번호(사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 정해진 고유번호 또는 주민등록번호), 공급가액·부가가치세액, 작성연월일 등을 적어야 합니다. 교회가 사업자등록번호가 아닌 고유번호를 가지고 있다면, 그 번호를 포함해 공급받는 자의 정보를 확인해 작성하시면 됩니다.

발급 시기는 원칙적으로 공사 용역의 공급시기입니다. 다만 계약 내용과 공사 진행·대금 지급 방식에 따라 공급시기 판단이 달라질 수 있으므로, 계약서의 기성금·중도금 조건과 실제 공사 진행을 함께 확인해 발급 시점을 정하셔야 합니다. 법인사업자라도 법령상 세금계산서 발급이 면제되는 일부 거래는 예외가 될 수 있지만, 제시된 사실만으로 해당 예외에 해당한다고 볼 사정은 확인되지 않습니다.

따라서 우선 계약한 공사의 부가가치세 과세 여부와 교회의 사업자등록번호 또는 고유번호를 확인하시고, 과세 공사라면 전자세금계산서 한 종류로 발급하시면 됩니다. 면세 계산서와 세금계산서를 같은 공사대금에 함께 발급하는 방식은 아닙니다.