퇴직금 자료의 보존기간은 자료의 종류에 따라 다르며, 퇴직금 중간정산을 했다면 관련 증명서류를 근로자가 퇴직한 뒤 5년이 되는 날까지 보존해야 합니다. 다만 이 5년은 중간정산 사유를 증명하는 서류에 관한 기준이고, 퇴직금 지급 관련 모든 자료에 일률적으로 적용되는 기간은 아닙니다.
「근로자퇴직급여 보장법 시행령」 제3조제2항은 사용자가 중간정산 사유에 따라 퇴직금을 미리 지급한 경우, 관련 증명서류를 근로자가 퇴직한 후 5년이 되는 날까지 보존하도록 정하고 있습니다. 따라서 중간정산금을 지급한 날부터 5년이 아니라, 해당 근로자가 실제 퇴직한 날을 기준으로 기간을 계산합니다. 예를 들어 중간정산 후에도 계속 근무했다면, 퇴직 전에는 이 보존기간이 끝나지 않습니다.
여기서 말하는 중간정산 사유에는 무주택 근로자의 주택 구입·전세금 부담, 일정 요건을 갖춘 장기 요양 의료비, 파산·개인회생절차개시 결정, 임금 감소 제도 시행 등이 포함됩니다. 중간정산 증명자료가 아니라 일반적인 퇴직금 지급 내역이나 계산자료라면 이 5년 규정이 그대로 적용된다고 단정하기 어렵습니다. 다만 그 자료가 근로계약·임금의 결정 및 계산에 관한 서류 등 「근로기준법」상 보존 대상 서류에 해당하면, 해당 서류별 기산일부터 3년간 보존해야 할 수 있습니다.
5년을 넘겨 보관했다는 이유만으로 처벌된다는 규정은 제공된 근거에서 확인되지 않습니다. 위 5년 규정은 보존해야 하는 최종 시점을 정한 것이지, 그 이후 보관을 금지하거나 초과 보관 자체에 과태료를 부과한다고 정한 내용은 아닙니다. 반대로 법정 보존기간이 끝났다는 이유만으로 모든 자료를 반드시 폐기해야 한다고 이 조항만으로 판단할 수도 없습니다. 개인정보가 포함된 자료라면 보존 목적과 다른 법령상 의무 등을 별도로 검토해야 합니다.
실무적으로는 자료를 ① 중간정산 사유 증명서류, ② 일반 퇴직금 산정·지급자료, ③ 근로기준법상 보존 대상 서류로 나누고, 각 자료의 법적 성격과 보존기간의 기산일을 확인해 관리하시는 것이 좋습니다. 중간정산 증명서류는 퇴직일을 기준으로 5년이 되는 날까지 보존하시면 됩니다.

퇴직연금 가입자로서 IRP로 퇴직금을 지급받을 때, 근로계약서에 퇴직소득세를 회사가 부담한다는 조항이 없다면 퇴직소득세는 누가 부담하나요?
현금이 아닌 물품 경품의 경우 기타소득 지급가액은 어떻게 정하나요?
100명 앞에서 예산 소진을 위해 2주 연장한다고 공지한 것이 11월 1일에 새로 작성할 근로계약서와 관련하여 법적인 합의로 볼 수 있나요?
상속회복청구권 행사의 제척기간은 어떻게 되나요?
사업자단위과세를 적용받는 법인사업자가 부동산 매매업을 위해 공장을 건설하는 경우, 해당 장소도 사업자단위과세에 추가해야 하나요?
상가를 분양받을 때 부가가치세가 발생하나요?