의제매입세액 공제 대상인 원재료 매입가액에 운임 등 부대비용을 제외한 매입원가만 포함하는 것이 맞나요?

말씀하신 취지는 맞습니다. 의제매입세액 공제 대상 원재료의 매입가액은 원재료 자체의 매입원가를 기준으로 하며, 별도로 부담한 운임 등 부대비용은 제외합니다. 여기서 ‘매인원가’는 ‘매입원가’를 뜻하는 것으로 보입니다.

따라서 면세 농산물 등을 100만 원에 사고 운임 5만 원을 별도로 부담했다면, 공제 계산의 기준이 되는 매입가액은 원칙적으로 100만 원입니다. 이 금액에 업종·사업자 유형에 맞는 공제율을 적용하되, 과세표준에 따른 공제 한도도 함께 적용합니다.

다만 수입한 면세농산물등은 일반 국내 매입과 달리 관세 과세가격을 기준으로 의제매입세액을 계산합니다. 또한 공제를 받으려면 면세로 공급받은 농·축·수·임산물을 과세되는 재화나 용역의 원재료로 사용해야 하고, 의제매입세액 공제신고서와 해당 매입을 증명하는 서류를 제출해야 합니다. 과세사업과 면세사업을 함께 하는 경우에는 과세사업에 사용한 부분을 구분하고, 구분하기 어려운 공통분은 안분할 수 있습니다.

근거는 부가가치세법 제42조의 의제매입세액 공제특례와 부가가치세법 시행령 제84조의 계산·신고 규정입니다.