고려해운의 직원(근로자)으로 근무하며 받는 선원급여에는 부가가치세가 붙지 않습니다. 부가가치세율이 0%인 거래가 아니라, 근로 제공 자체가 부가가치세 과세대상인 용역 공급에 해당하지 않는 것입니다.
부가가치세법 제12조제3항은 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것을 용역의 공급으로 보지 않는다고 정하고 있습니다. 따라서 회사가 급여를 지급할 때 급여에 부가가치세를 더하거나, 선원이 급여에 대해 세금계산서를 발급하는 방식은 아닙니다.
다만 계약상 직원이 아니라 독립적으로 용역을 제공하는 개인사업자·프리랜서라면 급여가 아니라 용역대가로 보아 부가가치세 과세 여부를 별도로 판단해야 합니다. 계약 명칭보다 실제로 회사의 지휘·감독을 받으며 근무하는지 등 고용관계인지가 중요합니다.