공급받는 자가 해외 선주사라는 사실만으로 세금계산서 발급의무가 면제되지는 않습니다. 실제 거래가 선박의 국제운송용역인지, 외국을 항행하는 선박에 물품·용역을 공급한 것인지에 따라 달라집니다.
선박으로 여객이나 화물을 국제 운송하는 용역이라면 「부가가치세법」 제23조의 외국항행용역으로 영세율 대상이 될 수 있습니다. 다만 세금계산서 발급 면제는 제한적입니다. 「부가가치세법 시행령」 제71조제1항제4호는 외국항행용역 중 면제되는 범위를 항공기의 외국항행용역 및 상업서류 송달용역 등으로 한정하고 있어, 선박 운송용역은 이 규정만으로 발급이 면제된다고 보기 어렵습니다. 따라서 해외 선주사에 제공했다는 이유만으로 면제 처리하지 말고, 거래의 공급자·공급받는 자와 용역의 실질을 따져야 합니다.
외국을 항행하는 선박에 재화나 용역을 공급한 경우라면 별도 규정이 적용될 수 있습니다. 영세율 대상이 되는 선박 공급 거래 중 「부가가치세법 시행령」 제71조제1항제5호가 정한 범위는 세금계산서 발급 면제 대상에 포함됩니다. 다만 이때도 단순히 선주사가 해외 법인인지가 아니라, 실제 공급 대상이 외국항행 선박인지 등 해당 요건을 충족해야 합니다.
한편 국내 사업장이 없는 외국법인에 대한 일반적인 발급 면제 규정도 있지만, 상대방이 외국 사업자임을 증명하는 서류를 제시하고 세금계산서를 요구하는 경우에는 발급해야 합니다. 외국법인 연락사무소에 공급하는 경우도 면제 예외입니다.
따라서 해외 선주사에 선박 운송용역을 제공한 거래인지, 외국항행 선박에 물품·정비 등 별도 용역을 공급한 거래인지를 먼저 구분하셔야 합니다. 영세율 적용과 세금계산서 발급 면제는 같은 판단이 아니므로, 영세율 거래라도 발급의무가 남을 수 있습니다.