기술보증기금 이자에서 원천징수된 세금은 보통 비용으로 처리해 법인세 과세소득에서 빼는 것이 아니라, 법인세 신고 때 이미 낸 세금으로 반영해 최종 납부세액에서 정산합니다.
이자를 받을 때는 지급명세서에 표시된 세전 이자액을 이자수익으로 기록하고, 실제 입금액과 원천징수액을 나누어 장부에 반영합니다. 원천징수액은 선납법인세 등 세금 계정으로 처리하고, 결산·법인세 신고 시 해당 사업연도의 법인세와 대조해 정산합니다. 따라서 원천징수액을 이자수익에서 차감하거나 세금비용으로 처리하면 이자수익이나 법인세 정산이 잘못될 수 있습니다.
다만, 원천징수된 금액이 실제로 있고 법인 명의의 지급명세서나 원천징수 내역으로 확인되어야 신고 때 반영할 수 있습니다. 결산 전에 이자 지급명세서와 통장 입금액을 대조하고, 장부의 이자수익이 세전 금액으로 기록됐는지 확인하세요. 이자 지급명세서에 원천징수액이 없거나 법인 명의가 아닌 경우에는 그대로 공제 처리하지 말고 지급 내역을 먼저 확인해야 합니다.
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