부가율을 매출액에서 매입액을 뺀 금액의 매출액 대비 비율로 계산하신다면, 공제받지 못한 매입세액을 별도의 매입세액 항목으로 더해 넣지는 않습니다. 다만 그 부가가치세가 매입원가나 비용에 포함되어 실제 매입액으로 처리됐다면, 사용하시는 부가율 산식에 따라 매입액에 반영될 수 있습니다.
부가가치세법상 공제되는 매입세액은 사업에 사용하기 위해 공급받은 재화·용역의 부가가치세액이 원칙이지만, 사업과 직접 관련 없는 지출, 면세사업 관련 매입, 세금계산서 요건을 갖추지 못한 경우 등은 공제되지 않을 수 있습니다. 공제되지 않는 매입세액은 부가가치세 신고에서 매출세액과 상계하는 매입세액으로 공제할 수 없다는 뜻이지, 부가율 계산에서 항상 매입액에서 제외해야 한다는 뜻은 아닙니다.
따라서 먼저 적용 중인 부가율 산식이 공급가액 기준인지, 장부상 원가·비용 기준인지 확인하셔야 합니다. 세무서 신고자료의 매입세액 공제 여부만으로 부가율에 포함할지를 결정하면 안 됩니다. 참고로 제공된 법령에는 ‘부가율’ 자체의 계산식을 정한 내용이 없어, 특정 신고서나 내부관리 지표에서 말하는 부가율이라면 그 지표의 산식을 기준으로 판단해야 합니다.