공동도급 공사에서 구성원사가 주관사로부터 받은 세금계산서로 매입세액 공제가 가능한가요?

공동도급 공사의 공동비용을 주관사가 먼저 부담하고 구성원사에 지분별로 세금계산서를 발급한 경우, 구성원사는 자기 지분에 해당하는 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 다만 실제 공동비용이고 구성원사의 과세사업에 사용되었으며, 세금계산서와 비용 배분이 적정해야 합니다.

부가가치세법 시행령 제69조제17항은 공동도급계약으로 용역을 공급하고 대표자가 대가를 받는 경우 등에 세금계산서 발급 특례를 적용하도록 합니다. 공동비용에 관해서는 주관사가 전체 세금계산서를 받은 뒤 구성원사에 각 지분대로 세금계산서를 발급하는 방식도 가능합니다. 이때 구성원사가 받은 세금계산서는 공사 용역을 다시 공급받았다는 뜻이라기보다 공동비용 중 자기 부담분을 나누어 받는 증빙입니다.

공제 여부는 다음을 확인하셔야 합니다.

• 세금계산서의 공급가액이 구성원사의 실제 분담 지분과 일치해야 합니다. 주관사가 발급받은 원 세금계산서의 공급가액 범위를 넘겨 발급해서는 안 됩니다.
• 해당 비용이 공동도급 공사 수행에 실제로 쓰였고, 구성원사의 과세사업과 관련되어야 합니다. 면세사업에 직접 관련된 부분이나 부가가치세법상 불공제 대상인 지출은 공제되지 않습니다.
• 공동비용 계약서·정산서·지분 배분 내역, 원 세금계산서와 대금 지급 내역을 함께 보관해 실제 거래와 배분 근거를 설명할 수 있어야 합니다.
• 주관사가 전체 비용을 부담했지만 구성원사에 지분별 세금계산서를 발급하지 않고 단순 정산서만 전달한 경우에는, 그 정산서만으로 매입세액 공제가 된다고 단정하기 어렵습니다.

따라서 적정하게 발급된 지분별 세금계산서가 있고 비용이 과세 공사에 사용되었다면 공제가 가능하지만, 공사비가 과세·면세사업에 함께 쓰이거나 비용의 실제 귀속·배분이 불분명하면 해당 부분을 구분하거나 안분해야 합니다. 공동도급 계약상 대표사가 대가를 수령해 발주처에 일괄 세금계산서를 발급하는 매출 처리와, 구성원사가 공동비용을 분담해 매입세액을 공제하는 처리는 서로 다른 거래이므로 각각의 세금계산서와 정산 근거를 맞춰 확인하시는 것이 중요합니다.