지방세 세무조사로 지방소득세를 안분해야 할 경우 법인세 수정신고를 해야 하나요?

지방세 세무조사에서 법인지방소득세의 사업장별 안분 오류만 확인된 경우라면, 그 이유만으로 법인세 수정신고를 해야 하는 것은 아닙니다. 법인세 과세표준·세액 자체도 잘못된 경우에만 법인세 수정신고를 검토하시면 됩니다.

법인세와 법인지방소득세는 별도로 신고·조정되는 세목입니다. 지방세법 제103조의24제2항은 법인지방소득세의 납세지 또는 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있으면, 지방자치단체가 보통징수로 부과고지하기 전까지 지방세기본법상 수정신고나 경정청구 등을 할 수 있도록 정하고 있습니다. 따라서 세무조사에서 안분 오류가 발견되었다면 우선 법인지방소득세 신고 내용과 각 사업장 소재 지방자치단체별 안분 자료를 확인하셔야 합니다.

다만, 조사 결과가 법인세 신고 내용에도 영향을 주는 경우에는 절차가 달라집니다. 예를 들어 법인세 과세표준이나 세액을 증액 수정신고한다면, 지방세법 제103조의24제1항에 따라 그 수정 내용을 납세지 관할 지방자치단체에도 신고해야 합니다. 이때 법인세 수정신고 내용을 증명하는 서류를 함께 제출해야 합니다. 수정으로 법인지방소득세 추가 납부액이 생기면 해당 추가 세액도 납부해야 합니다.

실무적으로는 다음처럼 구분하시면 됩니다.

• 법인세 금액은 그대로이고 지방자치단체별 안분만 잘못된 경우: 법인세 수정신고가 아니라 법인지방소득세의 안분·납세지 오류를 바로잡는 절차를 검토합니다.
• 법인세 과세표준·세액도 달라지는 경우: 법인세 수정신고와 함께 법인지방소득세 수정신고 및 증빙 제출이 필요한지 확인합니다.
• 이미 지방자치단체의 부과고지를 받은 경우: 제103조의24제2항에 따른 수정신고·경정청구 가능 시점이 제한될 수 있으므로, 고지 전인지부터 확인해야 합니다.

따라서 조사 통지서나 조사 결과에서 법인세 과세표준·세액 변경인지, 지방소득세 안분만의 문제인지를 먼저 나누어 보시고, 안분 오류라면 각 사업장별 소재지와 안분명세를 기준으로 지방세 신고를 정정하시면 됩니다.