사업자등록을 하지 않았다는 이유만으로 보조작가에게 대가를 지급하거나 원천징수 신고하는 것이 불법이 되는 것은 아닙니다. 실제로 사업을 하는 지급자라면 원천징수 대상 사업소득을 지급할 때 원천징수 의무가 생길 수 있고, 등록 여부와 별개로 그 의무를 이행하는 것은 위법이 아닙니다.
다만 먼저 보조작가가 어떤 관계로 일하는지 구분해야 합니다.
보조작가의 대가가 원천징수 대상 인적용역 사업소득에 해당한다면, 지급할 때 소득세 3%를 원천징수하고 지방소득세도 별도로 처리합니다. 프리랜서 사업소득의 일반적인 원천징수 실무에서는 지방소득세 0.3%를 더해 총 3.3%를 떼고 지급합니다. 사업소득 원천징수영수증을 발급하고, 원천징수한 세액과 원천징수이행상황신고서를 정해진 절차에 따라 제출·납부해야 합니다. 일반 납부기한은 원천징수한 달의 다음 달 10일입니다.
실무적으로는 용역계약서, 월별 작업 내역과 결과물, 지급 증빙, 원천징수영수증 및 신고·납부 자료를 함께 보관해 두시는 것이 좋습니다. 반대로 실제 관계가 근로관계라면 사업소득 3.3% 신고로 처리하는 것은 적절하지 않을 수 있으므로, 업무 지시와 근무 방식 등 실제 운영 내용을 기준으로 소득 종류를 먼저 판단하셔야 합니다. 사업자등록 의무가 있는지 여부는 현재 제공된 정보만으로 별도로 판단하기 어렵지만, 등록하지 않았다는 사정만으로 원천징수 의무가 없어지는 것은 아닙니다.