임대주택이 멸실된 후 신축된 아파트에 대해 임대사업자 등록이 불가능한 경우, 거주주택 비과세 특례 적용 여부는 어떻게 되나요?

재건축·재개발 등으로 임대주택이 멸실된 뒤 새로 취득한 주택이 아파트이고 임대사업자 등록을 하지 않은 경우에는, 일반적으로 거주주택 양도 시 임대주택 보유를 제외해 주는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받기 어렵습니다.

「소득세법 시행령」 제155조제20항은 일정한 장기임대주택과 거주주택을 함께 보유한 경우에 적용되는 특례입니다. 임대주택 등록이 자동·자진 말소된 경우에는 일정 요건을 갖추면 말소일부터 5년 이내 거주주택을 양도할 때 임대기간 요건을 충족한 것으로 보는 별도 규정이 있지만, 모든 등록 말소나 새 아파트 미등록에 적용되는 것은 아닙니다.

특히 재개발·재건축 등으로 새로 취득한 아파트에 임대사업자 등록을 하지 않은 채 종전 임대주택 등록이 말소된 경우, 그 말소만으로 거주주택 특례를 적용할 수 없다는 해석이 있습니다. 따라서 새 아파트 등록이 불가능했다는 사정만으로 특례가 인정된다고 보기는 어렵습니다.

다만 적용 여부는 종전 주택의 임대 유형과 등록 시기, 임대의무기간 중 실제 임대한 기간, 등록 말소 사유, 새 주택의 취득·준공 및 거주주택 양도 시점에 따라 달라질 수 있습니다. 임대의무기간의 절반 이상을 임대한 뒤 법정 사유로 자진 말소했는지, 또는 임대의무기간 종료에 따른 자동 말소인지도 확인해야 합니다. 관련 요건을 갖춘 말소 사례라면 말소 후 5년 이내 양도 여부가 중요하지만, 이 기간 요건만으로 다른 요건의 미충족까지 보완되는 것은 아닙니다.

따라서 양도신고 전 종전 임대주택의 등록증·말소 통지서, 임대차계약 및 임대기간 자료, 재건축·재개발에 따른 멸실·신축 자료를 함께 검토하시는 것이 좋습니다. 이미 비과세로 신고했더라도 요건에 맞지 않으면 양도소득세가 추가로 발생할 수 있습니다.