임대주택이 멸실된 후 신축된 아파트에 대해 임대사업자 등록이 불가능한 경우, 거주주택 비과세 특례 적용 여부는 어떻게 되나요?

재개발·재건축 등으로 임대주택이 멸실된 뒤 새로 취득한 아파트를 임대주택으로 등록하지 못하고 기존 등록도 말소된 경우에는, 그 사정만으로 거주주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받기 어렵습니다.

소득세법 시행령 제155조제23항은 일정한 임대주택이 자진말소 또는 자동말소되거나, 정비사업·리모델링으로 새로 취득한 주택과 관련해 등록이 말소된 경우에도 일정 요건을 충족하면 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보아 제20항 특례를 적용하는 규정입니다. 그러나 이 규정이 새 아파트에 대한 임대사업자 등록을 하지 않은 상황에서 거주주택 비과세를 자동으로 보장하는 것은 아닙니다.

특히 재개발·재건축 등으로 기존 임대주택이 멸실되고 새로 취득한 주택이 아파트여서 임대사업자 등록을 할 수 없었던 사안에 대해서는, 기존 임대주택 등록이 말소된 뒤 거주주택을 양도하더라도 제155조제20항의 특례를 적용할 수 없다는 해석이 제시되어 있습니다. 따라서 새 아파트의 등록 불가만으로 임대기간 요건을 충족한 것으로 보아 비과세를 받을 수 있다고 단정하기 어렵고, 안내된 해석에 따르면 특례 적용이 어렵습니다.

다만 등록 말소 사유와 시점, 기존 임대주택의 유형 및 임대기간, 새 주택 취득·준공 시점, 거주주택 양도 시점에 따라 검토가 달라질 수 있습니다. 거주주택 양도 전에 기존 임대주택 등록 말소 사실과 새 아파트의 등록 가능 여부를 포함해 전체 경위를 확인하고, 특례 적용 여부를 신중히 판단하셔야 합니다. 임대기간요건을 충족하기 전에 특례를 적용해 신고한 경우에는 요건 미충족 시 추가 납부 문제가 생길 수 있습니다.