수출대행수수료 자체에는 영세율이 적용되지 않고, 통상 부가가치세 10%가 과세됩니다. 다만 수출품생산업자가 공급한 수출재화의 수출금액에는 요건을 갖추면 영세율이 적용될 수 있습니다.
수출업자가 수출품생산업자와 수출대행계약을 맺고 생산업자의 재화를 대신 수출하는 경우, 부가가치세상 두 거래를 나누어 봅니다.
따라서 “수출업자가 대행수수료를 받는 경우 영세율이 적용되지 않는다”는 설명은 대행수수료에 관해서는 맞습니다. 하지만 수출업자가 받는 수수료와 생산업자가 수출한 재화의 수출금액을 구분해야 합니다. 수출대행이라는 이유만으로 생산업자의 수출재화까지 영세율 대상에서 제외되는 것은 아닙니다.
실무상 계약서와 정산서에서 수출재화 대금과 대행수수료를 구분하고, 수출업자는 수수료에 대해 세금계산서를 발급하며 해당 매출을 부가가치세 신고에 반영해야 합니다. 수출대행계약 없이 수출업자가 자기 계산으로 재화를 매입해 되파는 거래라면 거래의 실질에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.