분리과세를 선택하면 실제 주택임대업 대출이자를 별도로 필요경비로 공제할 수 없습니다. 법정 비율로 계산한 필요경비에 실제 이자 지출이 반영된 것으로 보며, 이자를 추가로 빼면 안 됩니다.
분리과세 대상은 주택임대 총수입금액이 과세기간에 2,000만원 이하인 경우이며, 이때 분리과세와 종합과세 중 선택할 수 있습니다. 실제 대출이자를 비용으로 반영하려면 분리과세의 정률 계산이 아니라 장부에 따라 실제 수입·필요경비를 계산하는 종합과세 방식이 해당될 수 있습니다. 이 경우에도 대출금이 임대수입을 얻기 위해 직접 사용되었는지와 이자 지급액이 증빙되는지가 중요합니다.
이 분리과세 특례는 2019년 이후 발생한 소득분부터 적용됩니다(소득세법 제64조의2제2항).