부가가치세 신고에서 매입금액 자체를 매출액이나 과세표준에서 빼는 것은 아니지만, 매입할 때 부담한 부가가치세는 요건을 갖추면 매출세액에서 공제합니다.
예를 들어 과세사업에 쓰려고 물건을 사고 적법한 세금계산서를 받았다면, 물건값 전체가 아니라 세금계산서에 표시된 부가가치세액이 매입세액 공제 대상이 될 수 있습니다. 납부세액은 기본적으로 매출세액에서 공제 가능한 매입세액을 뺀 금액으로 계산합니다.
다만 사업과 직접 관련 없는 지출, 면세사업 관련 지출, 토지 관련 지출, 일정한 승용차 구입·임차·유지비 등은 매입세액이 공제되지 않을 수 있습니다. 세금계산서를 받지 않았거나 필요적 기재사항에 문제가 있는 경우에도 공제가 제한될 수 있습니다.
따라서 질문하신 ‘매입금액’이 물건값을 뜻하는지, 그 금액에 포함된 부가가치세를 뜻하는지에 따라 답이 달라집니다. 보통 매입금액 자체를 매출에서 차감하는 것이 아니라, 공제 요건을 갖춘 매입 부가가치세만 매출세액에서 공제한다고 이해하시면 됩니다.