사업자가 재화나 용역을 공급하지 않고 받은 지원금은 원칙적으로 부가가치세 과세대상이 아닙니다.
부가가치세는 사업자가 재화·용역을 공급하거나 재화를 수입할 때 과세됩니다. 따라서 지원금을 받았다는 사실만으로 과세되는 것은 아니며, 지원금이 어떤 거래의 대가인지가 핵심입니다. 부가가치세법 제29조제5항제4호도 재화·용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금·공공보조금은 공급가액에 포함하지 않도록 정하고 있습니다.
다만, 계약서에 ‘보조금’이라고 적혀 있어도 실제로는 지원기관에 용역을 제공하거나 결과물을 넘기는 대가라면 과세될 수 있습니다. 예를 들어 사업 수행 결과물을 국가·지방자치단체에 귀속시키거나, 위탁받은 업무를 수행하고 운영비·사업비를 받는 구조라면 그 돈이 용역 대가인지 살펴봐야 합니다. 반대로 손실 보전, 사업 수행을 위한 재정 지원, 결과물이 사업자에게 귀속되는 연구개발 지원처럼 공급의 대가가 아닌 돈은 통상 과세대상에서 제외됩니다.
판단할 때는 지원금 명칭보다 다음을 확인하시는 것이 좋습니다.
지원금이 과세되는 공급의 대가라면 공급가액에 포함해 부가가치세를 신고해야 합니다. 대가와 지원금의 관련성이 불분명하다면 협약서, 사업계획서, 결과물의 소유·귀속 조항, 정산 기준을 함께 검토해야 합니다. 단순히 지원금이라는 이름만으로 비과세 처리하지 않는 것이 중요합니다.