착오로 인한 이중발행으로 수정세금계산서를 발행할 때, 확정신고일 이전에 신고하면 가산세가 부과되나요?

같은 거래의 전자세금계산서를 실수로 중복 발급한 뒤 확정신고기한 전에 중복분을 음(-)의 수정세금계산서로 취소하고, 부가가치세 신고에 올바른 금액을 반영했다면 수정 발급 자체에 대한 가산세는 일반적으로 발생하지 않습니다.

중복 발급은 부가가치세법 시행령 제70조제1항제7호에 따른 수정 사유입니다. 처음 발급한 세금계산서의 내용대로 음(-)의 수정세금계산서 1장을 발급해 중복분을 취소하는 방식입니다. 전자세금계산서를 삭제하는 것이 아니라 수정세금계산서로 바로잡습니다.

확정신고기한 전에 신고하셨더라도, 신고서에 중복 발급분을 매출로 포함했는지 확인하셔야 합니다.

• 신고 전에 중복분을 취소하고 신고서에 실제 공급액만 반영했다면, 수정세금계산서 발급에 따른 가산세는 통상 없습니다.
• 중복분까지 매출로 신고했더라도 실제 납부세액이 잘못되지 않도록 신고 내용을 정정해 신고기한 안에 제출하는 것이 중요합니다. 신고·납부 내용이 잘못되어 추가 납부가 생기면 그에 따른 가산세는 수정세금계산서 가산세와 별도로 판단합니다.
• 중복 발급이 아니라 서로 다른 실제 거래였거나, 수정 사유가 단순 중복 발급에 해당하지 않는다면 적용되는 수정 사유와 신고 처리가 달라질 수 있습니다.

따라서 확정신고기한 전이라는 사실만으로 가산세가 면제되는 것은 아니지만, 동일 거래의 단순 중복 발급을 규정에 맞게 취소하고 신고 내용도 바로잡았다면 수정 발급 자체의 가산세는 통상 없습니다. 세무조사 통지나 과세자료 해명 안내 등으로 과세관청의 경정을 미리 알고 있는 상황이라면 수정 발급 제한 여부도 함께 살펴보셔야 합니다.