정기주총에서 상법 340조의2, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 및 정관에 의해 직원에게 부여한 스톡옵션 행사에 따른 법무사 수수료는 부가세 불공제 대상인가요?

정기주주총회에서 적법하게 부여한 스톡옵션의 행사에 따른 법무사 수수료는 그 사실만으로 부가가치세 매입세액 불공제 대상이 되지는 않습니다. 법무사 용역이 회사의 과세사업을 위한 업무와 관련되는지가 핵심입니다.

부가가치세법 제38조는 사업자가 자기 사업을 위해 공급받은 용역의 부가가치세액을 매입세액으로 공제하도록 하고, 제39조는 사업과 직접 관련 없는 지출 등의 매입세액을 공제하지 않도록 정합니다. 따라서 상법 제340조의2, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 및 정관에 따라 스톡옵션을 부여했다는 사정이나, 수수료가 ‘주식’ 또는 ‘자본’과 관련됐다는 명칭만으로 공제 여부가 결정되지는 않습니다.

• 법무사가 스톡옵션 행사에 따른 주식 발행·변경등기 등 회사 업무를 수행했고, 그 지출이 회사의 과세사업 운영과 관련된다면 공제 가능성이 있습니다.
• 용역이 회사 사업과 무관한 주식 거래를 위한 것이거나, 면세사업에만 관련된 지출이라면 불공제될 수 있습니다. 과세사업과 면세사업에 함께 쓰이는 공통 비용이면 실제 관련성을 구분하고, 구분할 수 없는 부분은 안분 문제가 생길 수 있습니다.

실무상으로는 세금계산서만 보관하는 데 그치지 말고, 법무사 청구서에 적힌 업무 내용, 주주총회 의사록·스톡옵션 행사자료, 등기서류 등을 함께 보관해 용역의 실제 내용과 과세사업 관련성을 설명할 수 있도록 하시는 것이 좋습니다. 결론적으로, 질문하신 사유만으로 불공이라고 단정할 수 없고, 회사의 사업 내용과 법무사가 실제 제공한 용역을 기준으로 판단해야 합니다.