거래처가 구조변경을 하면서 그 작업에 필요한 구조변경 서류비용을 청구하고 세금계산서를 발급했다면, 보통은 차량의 자본적 지출로 보아 차량가액에 포함하는 처리가 타당합니다. 세금계산서를 받았다는 사실만으로 비용 처리 여부가 정해지는 것은 아니고, 그 비용이 차량의 구조변경과 직접 관련되고 개조를 완료하는 데 필요한 비용인지가 기준입니다.
차량 구조변경비가 차량의 기능·용도나 가치를 지속적으로 개선하는 지출이라면, 그 구조변경에 필수로 따라붙는 승인·검사·서류 작성 비용도 개조와 직접 관련된 부대비용으로 볼 수 있습니다. 따라서 거래처가 구조변경 작업과 함께 청구한 서류비용은 구조변경비와 함께 차량 취득가액에 가산하고, 이후 감가상각으로 비용 처리하는 방식이 일반적으로 적절합니다. 소득세법 시행령 제89조는 매입 자산의 취득가액에 매입가액과 부대비용을 더하도록 하고, 자본적 지출은 자산가액에 반영하는 기준을 둡니다.
다만 아래처럼 구분해 보셔야 합니다.
구조변경 작업명세서·견적서, 서류비용의 산출내역, 세금계산서를 함께 보관해 해당 비용이 구조변경에 직접 필요했다는 점을 확인할 수 있게 해두시면 좋습니다. 앞서 말씀드린 취지는 이와 같지만, 서류비용이라는 명칭만으로 무조건 자산화되는 것은 아니며 실제 용역 내용과 구조변경과의 직접 관련성으로 판단합니다.