과세와 면세 겸업 종합건설업에서 공통매입세액 면세안분 시 보존분을 포함하여 면세공급가액을 1억 5백만 원으로 계산서 발행하는 것이 올바른 회계처리인가요?

공통매입세액을 면세사업에 안분할 때 반영하는 ‘보전분’이라는 이유만으로 면세공급가액을 1억 원에서 1억 500만 원으로 늘려 계산서를 발행하는 것은 맞다고 단정할 수 없습니다. 공통매입세액 안분 계산에 넣는 금액과 거래 상대방에게 발행하는 계산서 금액은 별도로 판단해야 합니다.

부가가치세법 시행령 제81조에 따르면 공통매입세액 중 면세사업 등에 관련된 부분은 원칙적으로 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액으로 계산합니다. 면세사업과 관련해 받았지만 부가가치세 과세표준에는 포함되지 않는 국고보조금·공공보조금 및 유사 금액은 이 안분 계산의 면세공급가액에 포함될 수 있습니다. 이는 매입세액을 나누기 위한 계산 기준이지, 그 금액만큼 면세 용역의 대가가 늘었다는 뜻은 아닙니다.

따라서 5백만 원이 실제 공사대금의 추가분이 아니라, 공통매입세액 안분에 따른 보전금·보조금이라면 그 5백만 원을 면세공급가액 안분 계산에 반영할 수 있는지와 1억 500만 원으로 계산서를 발행해야 하는지를 구분하셔야 합니다. 보조금 성격의 금액을 면세공사 대가로 보아 계산서 금액에 더하는 것은 별도의 근거가 필요합니다.

반대로 발주자가 지급하는 5백만 원이 공사대금의 일부로서 면세 공사 용역의 대가를 추가로 지급하는 것이라면, 실제 계약·정산 내용에 따라 총 대가가 1억 500만 원인지 판단해야 합니다. 이 경우에는 단순히 내부적으로 ‘보전분’이라고 부르는지가 아니라 계약서, 변경계약서, 기성·준공 정산서와 지급 사유를 확인해야 합니다.

실무상 다음을 대조해 보세요.

• 5백만 원을 지급한 주체와 지급 근거가 계약상 추가 공사대금인지, 보조·보전금인지
• 그 금액이 면세사업과 관련된 금액인지, 과세사업 또는 여러 사업에 공통으로 관련된 금액인지
• 계산서에 적은 1억 500만 원이 실제 면세 용역의 대가와 일치하는지
• 공통매입세액 안분 자료에서는 해당 금액을 어느 항목에 포함했는지

즉, 안분 계산상 면세공급가액에 포함될 수 있다는 사정만으로 계산서 발행 금액까지 1억 500만 원이 되는 것은 아닙니다. 지급 성격을 확인해 계산서 발행 금액과 안분 계산 금액을 각각 정리하시는 것이 안전합니다.