개인 소유 토지를 일반적인 임대차계약으로 야적장에 사용하게 하고 월 50만 원을 지급하는 경우라면, 통상 지급자가 원천징수하지 않습니다. 따라서 매월 50만 원에서 3.3%를 공제해 지급하는 방식은 일반적인 토지 임대료에는 적용되지 않습니다.
소득세법상 원천징수대상 사업소득은 모든 사업소득이 아니라 대통령령으로 정한 용역에서 생기는 소득으로 한정됩니다. 토지를 빌려주고 받는 임대료는 그 원천징수대상 사업소득에 해당하는 용역 대가와는 구분되므로, 토지 임대료라는 이유만으로 3% 소득세와 지방소득세 0.3%를 원천징수하지 않습니다.
계약서에는 사용 목적이 야적장이라는 점, 사용 기간·면적, 월 사용료와 지급일을 명확히 적어 두시고, 실제 지급액과 계약 내용이 일치하도록 이체 내역 등 지급 증빙을 보관하시는 것이 좋습니다. 다만 명칭이 ‘토지사용료’여도 실제로는 임대차가 아니라 별도의 권리 설정 대가라면 소득 구분이 달라질 수 있습니다. 특히 공익사업과 관련한 지역권·지상권 설정 대가는 별도 검토 대상이지만, 질문처럼 야적장 사용을 위한 일반 임대라면 그 예외와는 구분됩니다.
정리하면, 일반적인 야적장 토지 임대료 월 50만 원은 지급 단계에서 원천징수 없이 지급하는 것이 통상적입니다.