지원금의 원단위 차액을 잡손실·잡이익으로 처리하는 것이 무조건 금지되는 것은 아니지만, 실제 정산 차액인지 확인하지 않고 단순히 차이를 없애는 용도로 처리하면 안 됩니다. 회계 계정과목보다 중요한 것은 지원금으로 받을 권리와 실제 지급·정산액이 얼마로 확정됐는지입니다.
세무상으로는 법인의 익금·손금이 원칙적으로 확정된 사업연도에 귀속됩니다(법인세법 제40조). 따라서 잡손실로 분개했다고 그 차액이 자동으로 세법상 손금이 되는 것도 아니고, 잡이익으로 분개했다고 과세 여부가 그 계정명만으로 결정되는 것도 아닙니다. 지원금을 받을 권리와 반환 의무, 정산 결과를 기준으로 수익·비용 및 세무조정을 판단해야 합니다. 기업회계기준을 계속 적용했더라도 세법에 별도 규정이 있으면 그 규정이 우선합니다(법인세법 제43조).
특히 10원 미만 절사 규정이 모든 지원금 거래에 당연히 적용된다고 볼 근거는 제시된 정보만으로 확인되지 않습니다. 지급기관이 실제로 어떤 방식으로 지급액을 확정했는지와 정산서·교부결정서·입금내역이 서로 맞는지 확인해 회계처리하시는 것이 안전합니다.