2020년부터 2024년까지 식당 매입자료 1억 4천만 원을 부당하게 수취하여 2024년 폐업 후 부가가치세 1,900만 원을 납부했는데, 종합소득세도 추가로 납부해야 하나요?

부가가치세로 약 1,900만 원을 납부하셨더라도, 매입자료가 실제 거래 없이 허위로 받은 자료라면 종합소득세도 추가로 발생할 수 있습니다. 다만 1억 4,000만 원 전액에 세율을 곱해 바로 세액을 정하는 것은 아니며, 실제 소득과 다른 필요경비, 이미 낸 세금 등을 반영해 귀속연도별로 다시 계산해야 합니다.

식당 사업의 종합소득금액은 장부상 수입에서 인정되는 필요경비를 뺀 금액을 바탕으로 계산합니다. 허위 매입자료에 대응하는 실제 재화·용역 거래가 없었다면 그 금액은 필요경비로 인정되지 않을 수 있고, 이미 비용으로 처리해 신고했다면 해당 비용이 부인되면서 사업소득과 종합소득세가 늘어날 수 있습니다. 반대로 실제 거래와 지급 사실이 있고 증빙이 잘못된 것에 불과한 경우라면 사실관계와 증빙에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.

부가가치세와 종합소득세는 별도로 계산되는 세금입니다. 부가가치세 추징액을 납부했다고 해서 허위 매입으로 줄어든 사업소득이 자동으로 바로잡히거나 종합소득세까지 납부한 것으로 처리되지는 않습니다. 종합소득세가 추가되면 이에 딸린 개인지방소득세도 별도로 확인해야 합니다.

신고·정정과 가산세

• 2020~2024년 각 연도의 종합소득세 신고서에서 해당 매입액을 필요경비로 반영했는지 확인하고, 허위로 비용 처리한 연도는 수정신고 대상인지 검토해야 합니다. 수정신고는 세무서가 해당 세액을 결정·경정해 통지하기 전 등 법정 요건을 충족하는 동안 제출할 수 있습니다.
• 신고를 아예 하지 않은 연도가 있다면, 세무서가 세액을 결정해 통지하기 전까지 기한 후 신고를 할 수 있고, 신고할 세액이 있으면 함께 납부해야 합니다.
• 일반적인 과소신고는 과소신고한 세액의 10% 가산세가 문제될 수 있습니다. 허위 증빙을 이용한 행위가 세금 부과·징수를 어렵게 하는 적극적인 부정행위로 인정되면 40% 가산세가 적용될 가능성도 있습니다. 어느 쪽인지는 자료를 받게 된 경위, 실제 거래 여부, 신고 내용 등 구체적인 사실에 따라 달라집니다. 납부가 늦어진 데 따른 가산세도 별도로 확인해야 합니다.

우선 연도별 종합소득세 신고서와 장부에서 1억 4,000만 원이 어떻게 비용 처리됐는지, 실제 거래·대금 지급·재고 기록이 있는지, 부가가치세 추징액에 어떤 연도와 거래가 포함됐는지를 대조해 보셔야 합니다. 추징 통지나 조사 진행을 알고 난 뒤 자진 정정한 경우에는 가산세 감면이 제한될 수 있으므로, 이미 받은 통지의 종류와 시점도 함께 검토하는 것이 좋습니다. 현재 정보만으로는 연도별 추가 세액을 확정할 수 없습니다.